В центре сюжета — человек, ставший калекой после ограбления банка, которое так и осталось нераскрытым. Его берут в заложники, чтобы выпытать хранимые им секреты. Ему предстоит перехитрить людей, лишивших его свободы, и раскрыть дело. Действовать герою придется только глазами, ведь он полностью парализован.
Подробности сюжета держатся в секрете, однако, по сведениями источника, по духу Shadow Run будет напоминать шпионский боевик «Код доступа "Кейптаун"», вышедший в прокат в 2012 году. Он повествовал о сотрудничестве молодого и неопытного агента ЦРУ с отошедшим от дел ветераном этой же организации.